Narodil v roku 1968 v Písku, vyštudoval filológiu a teológiu. Literárny a kultúrny historik, zaoberá sa predovšetkým vzťahom kultúry a náboženstva. Skúsený pedagóg, v súčasnosti prednáša na Fakulte humanitných štúdií Univerzity Karlovej v Prahe kultúrne dejiny v historickom module. Je autorom viacerých vynikajúcich monografií o českej katolíckej literatúre, Václavovi Havlovi, americkej religiozite... Prekladá z latinčiny, nemčiny, ruštiny a ďalších jazykov. V minulosti pracoval aj ako redaktor Katolického týdeníku, revue Souvislosti a občas moderoval v rozhlase a televízií.

V roku 2013 sa do centra pozornosti dostal, keď ho český prezident Miloš Zeman odmietol vymenovať za profesora. Údajne za jeho vystupovanie a účasť na pochode Prague Pride, na ktorom protestoval proti extrémizmu. Pravdepodobnejším motívom však bola pomsta za jeho politickú orientáciu a občiansku angažovanosť, zvlášť pred prezidentskými voľbami. Veľká časť laickej i odbornej verejnosti a akademickej obce sa ohradila a Martin C. Putna si profesorský dekrét nakoniec prevzal z rúk ministra školstva.

Martin C. Putna - katolícky intelektuál, o ktorom profesor Tomáš Halík povedal: „Já vždy budu v církvi i společnosti hájit právo na kritické názory, jsou-li duchaplné. Církev má spoustu hloupých a zavilých kritiků, on je kritik ostrý, ale je především velmi inteligentní. Díky za něj.“